Это один из старейших севастопольских храмов. Святой Митрофаний внес большой вклад в становление русского флота на Черном море. Он почитался и как целителя, поэтому в 1858 году в городе возвели церковь в его честь. Сюда приходили молиться простые люди – матросы и моряки, портовые рабочие и служащие. Современники сравнивали здание с перевернутым кораблем, стены выстроили выше кровли и были увенчаны крестами. Вместе с основным сооружением построили колокольню. Собственно, только она и сохранилась до наших дней.
Судьба этого культового сооружения складывалась трагически. В начале революционных событий был расстрелян настоятель. Затем храм закрыли и переоборудовали под клуб. В оборонительных боях в Великую Отечественную постройка была разрушена. Оставшаяся звонница сегодня используется как часовня.
