Замечательный памятник восточно-христианского стиля. Похожие церкви строили в Византийской империи, в частности, в Константинополе.
Основу здания составляют четыре колонны, держащие купол и своды. Кирпичная кладка выложена из камней с разными свойствами и цветом. Помимо художественной выразительности, это имело и практическую необходимость как защита от землетрясений. Примерное время строительства, VIII-IX века, определили по надписи – «… от Р.Х. 752».
Правители Крымского ханства обратили храм в мечеть, с вхождением Керчи в Российскую империю она снова стала православной. Тогда ее назвали «церковь усекновения главы Иоанна Предтечи».
В течение XIX столетия была проведена реконструкция, обнаружившая фрески времен Андрея Рублева.
Полномасштабную реставрацию произвели уже в советское время. Это была очень долгая и сложная работа. Для поддержки купола соорудили каркас, ветхие детали заменяли точными копиями из такого же материала, а сохранившиеся росписи и штукатурку закрепили.
Сейчас это действующий храм, в нем проводятся богослужения.