Обитель основали в XIV веке армяне, спасавшиеся от преследования турок. В этой местности много подобных памятников, среди гор и лесов было проще укрыться хоть на какое-то время. По преданию, сначала была построена церковь, потом появилось еще несколько строений – трапезная, жилище для монахов, хозяйственные помещения. В комплекс вошли так же фонтаны и сад.
С момента своего появления монастырь обретал все большее значение, какое-то время он был крупным религиозным центром, здесь даже печатались книги. Однако, устояв при османах и Российской империи, он не смог пережить Советскую власть. На десятилетия Сурб-Хач пришел в запустение.
За последнее время сделано многое для возрождения былого величия. Сегодня здесь проводятся богослужения, приезжают туристы. Их влечет желание прикоснуться к древности. Старинная архитектура, окружающая природа настраивают на философский лад.