До конца XIX века у севастопольских караимов не было своего собственного молельного дома. Люди собирались в частном помещении. Община разрасталась, и возникла потребность в новом просторном культовом сооружении. Но только к 1896 году было приобретено место под строительство, но и оно затягивалось из-за нехватки средств. Лишь в 1908 новое здание освятили, и начались службы.
В начале 30-х годов прошлого века проходило массовое закрытие культовых учреждений. Была закрыта и кенасса, в которой разместился спортзал. Война не пощадило строение, снаряды обрушили крышу и главный фасад. В послевоенное время храм отреставрировали, но караимам его не отдали. И сегодня здесь размещается боксерская школа спортивного общества «Спартак».
