До революции небольшой городок Белогорск славился значительным количеством разных храмов. Больше всего было мусульманских, но был и католический, и два православных. Один из них, Свято-Николаевский, был возведен в 1793 году. Святой Николай – один из самых почитаемых, покровитель моряков, всех страдающих и обездоленных.Финансовую поддержку строительству оказал первый губернатор Крыма граф Каховский. Здесь же он был похоронен после кончины. На протяжении полувека неизменно службы здесь проводил Иоанн Василькиоти, пользовавшийся огромным уважением как среди православных, так и татар.
За прошедшее время собор претерпел немало изменений. Была сделана пристройка, деревянную колокольню заменила каменная. Внешний вид церкви приобрел византийские черты.